miRNA的研究分析方法都有哪些

1、 miRNA靶基因预测分析

　　miRNA是非编码RNA，不能编码蛋白，它只能通过调控靶基因的表达，参与生物功能。

　　基于预测工具，获得miRNA调控的靶基因，以及对应的结合位点信息。这是最常见的miRNA生信分析。可能结果展示：

　　miRNA调控靶基因预测结果表

　　miRNA-target网络图

　　2、miRNA功能分析

　　基于miRNA的靶基因信息，分析miRNA的功能，主要包括GO富集分析和KEGGpathway富集分析，获得重要miRNA的功能。可能结果展示：

　　miRNA的功能分析，横坐标代表miRNA，纵坐标代表富集的功能。节点代表显著富集程度。

　　miRNA的功能分析，横坐标代表miRNA，纵坐标代表富集的功能。红色代表显著富集。

　　3、 ceRNA分析

　　即竞争性内源RNA分析，是近两年非常热门的研究方向。不同的RNA可以通过miRNA结合位点原件，竞争性的调控其他RNA。在这个调控关系里，miRNA起到关键作用。可能的结果展示：

　　ceRNA调控关系图(彩色节点是miRNA，黑色节点是LncRNA，灰色是mRNA)

　　4、 miRNA测序分析

　　二代测序是目前做分子层面最常用的实验手段。它可以高通量的对所有相关miRNA进行分析，然后获得和研究方向最相关的miRNA结论。可能的结果有：

　　miRNA测序分析流程

　　miRNA的聚类热图分析

　　差异表达miRNA-target网络图。A代表差异上调miRNA靶基因调控关系;B代表差异下调miRNA靶基因调控关系

　　5、其他分析

　　转录因子(TF)-miRNA分析，miRNA活性分析，miRNA功能协同网络分析，miRNA共表达分析等等。可能的结果图：

　　图例：TF-miRNA-target网络图

　　6、靶基因的验证

　　预测终归是预测，miRNA的靶基因还必须经过验证。这个过程与一开始寻找靶基因的过程相似，也就是抑制或过表达miRNA，然后检查mRNA或蛋白水平的反应。

　　目前最常用的方法是荧光素酶报告基因法。首先，构建荧光素酶表达载体，将希望鉴定的miRNA靶基因的3’UTR插入荧光素酶基因的3’UTR中，然后将构建好的重组载体转染到细胞中，并改变miRNA的表达水平，最后检测荧光素酶的表达情况，以分析3’UTR中是否含有miRNA的靶位点。