如何运用HaploView进行SNP的统计分析

用HaploView进行SNP统计分析的详细方法如下：

　　1. 软件下载和相关文献

　　HaploView的下载地址：https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/medical-and-population-genetics/haploview/haploview。该网页也包含了该软件的基本介绍和功能，网页的最下部就给出了三篇文章，以供引用和参考。大家根据用到的功能进行引用即可。

　　2. 数据准备和导入

　　(1).ped和.info文件的制作，可以直接新建一个txt文档，然后把后缀名改成相应的ped和info即可;

　　(2)数据的编排最好在excel中进行，会方便和简易很多，直接在txt里面排也可以，但会很麻烦;

　　3. Case-control association study参数选择和结果解读

　　(1)两个必要文件做好之后，打开软件，在data file出导入.ped文件，软件会自动导入同一个文件夹里的同名的.info文件，case-control研究勾选“Do association test”--“Case/control data”--点击“ok”，结果就出来了;

　　(2)在弹出来的“Check makers”界面，可以看到基本的信息，target SNP ID，HWpval，MAF等;

　　点击“association”选项卡，即可看到associated allele，及其相对应的case和control的frequency，chi-square test，p-value(如果是多个SNP的研究，这是校正前的p-value，想做multiple tests，就用下面的permutations);

　　点击“Permutation tests”，在方框中输入你想做的tests的次数，然后点击“Do permutations”，计算完之后结果就会显示在下面。

　　4. TDT与Case-control的不同之处

　　(1)选择计算模式：导入数据后，选择“Do association test”--“Family trio data”--“OK“，就会出结果;

　　(2)结果显示:"Check markers"界面最顶端，会显示你导入有多少个family，可以看是否跟你的数据一致，如果不一致就要回去检查你的数据录入时哪里出错了。其它结果显示跟case-control差不多，不再赘述;

　　5. LD block的制作和分析

　　(1)如果你录入的数据里包含2个以上的SNP的数据，在HaploView中是可以做haplotype analysis的，但需要注意Haploview默认是忽略距离大于500KB的两个SNPs的haplotype的，因为即使算出来在遗传学上也没有太大意义;当然如果你想做的话，记得改一下这个距离限制;

　　(2)软件操作跟以上两小点没有区别，只是得到结果之后，在”LD plot“中会显示相应的SNP的组合，并在“haplotypes”中显示可能的组合，并在“association”--“haplotypes”显示相应的p-value;当然你可以通过改变方框的包含SNPs而认为地改变SNPs的组合，并得到相应的p-value;

　　(3)Permutation tests：在“association”--“Permutation tests”中可以选择“Single markers and haplotypes in blocks”，然后在后面的方框中输入你想要做的次数，即可得到单个SNPs和每种haplotypes的校正后的p-value。

　　6. HaploView的其它功能

　　这次只是讲了Haploview的最基本的做SNP统计分析的功能，除了能识别linkage format之外，你还可以通过选择其它选项卡，导入你准备好的不同format的文件。当然haploview还有其它的很多好用的功能，值得大家去探索，具体可以参照该网站的Manual进行尝试。如“HapMap download”功能，它允许只输入特定gene或区域的chromosome position，然后根据不同的人群做出相应的LD Block。